Eigentlich habe ich deine Frage schon beantwortet:
Beim Protostar ist es so, da das Template nachsieht ob es eine custom.css [edit:
user.css]gibt, und die dann zusätzlich ladt,
und zwar ganz am Schluss, sodass Selektoren tatsächlich überschrieben werden. Siehe
bj.zemplate.com/protostar-responsive-tem...e-protostar-template
Bei JSN Templates geht das nicht, da die Templates bereits mit einer custom.css daherkommen. Dort macht man es so, dass man z.B. eine user.css erstellt, und die dann in den Parametern des Templates einträgt.
Bei andern Frameworks ist es halt anders, da macht man das so, wie es in der Doku steht, aber das habe ich ja schon gesagt.