Hallo Steffi
ich habe heute Nachmittag längere Zeit in Deinem Backend verbracht. Leider konnte ich das Problem weder lösen noch die Ursache finden!
Zuerst vermutete ich ein Problem mit Helix. Da war eine ältere Version installiert und die Aktualisierungsquelle deaktiviert. Nach dem Aktivieren der Aktualisierungsquelle wurde eine Aktualisierung angezeigt, die ich installiert habe. Verändert hat sich dadurch aber nix.
Als nächstes habe ich's mit dem Joomla-Standard-Template «Protostar» versucht. Zu meiner Überraschung besteht das Problem auch damit. Die Startseite wird korrekt angezeigt, alle Unterseiten jedoch ohne Template.
Konfiguration > Fehler berichten > Maximum: es werden keine Fehler angezeigt.
Mir ist noch aufgefallen, dass Du die PHP Version 7.2.27 verwendest. Du könntest bei Gelegenheit auf PHP 7.3 oder 7.4 wechseln. Mit dem vorliegenden Problem dürfte das aber nichts zu tun haben.
Was Du auch noch machen könntest: ein vollständiges Joomla 3.9.16 herunterladen, entpacken und auf Deinen Webserver hochladen (den Ordner «installation» NICHT hochladen; den Ordner «images» kannst Du auch bleiben lassen). Dabei werden die vorhandenen Dateien überschrieben. Falls da eine veraltete Datei auf dem Server gewesen sein und das letzte Joomla-Update nicht richtig funktioniert haben sollte, hättest Du so wieder ein «frisches» Joomla 3.9.16.
Ansonsten wäre ich in Versuchung, ein komplett neues Joomla zu installieren. Dort versuchst Du als erstes, ob die Untermenüs mit «Protostar» funktionieren. Dann müsstest Du nur noch die paar Erweiterungen installieren, die paar wenigen Beiträge über die Zwischenablage kopieren und die Menüeinträge erstellen. Der Aufwand sollte nicht allzu gross sein.
Tut mir leid, dass ich nicht helfen konnte (es hat ein wenig an meinem Selbstbewusstsein gekratzt...).
Viele Grüsse
Christof